日本九州一处偏远的海边小镇上，断绝自己的过往、独自移居此地的贵瑚，在某个下雨天遇到了跟自己一样散发着孤单感的少年。少年身上有与贵瑚一样的气味，这是一种不被父母倾注爱意、孤独的气味。贵瑚仿佛从少年身上看到曾经的自己──悲惨、绝望、被践踏、了无生趣，在看不到边界的时光里无人理解，只能发出也许永远不会得到回应的“52赫兹”的呼救。孤零零的好似身处世界尽头的两人自此邂逅，孤独、对爱的渴望与背叛交织，幽暗的世界一点点恢复光明……